Ишеевская пещерная система состоит из шести горизонтальный пещер коридорного типа. Пещерная система образовалась в толще серых гипсов по направлениям тектонических трещин вследствие происходившего здесь водотока. Пол пещеры покрыт глиной и обвалившимися с потолка каменными глыбами. Рядом с пещерами проходит суходол, ведущий к реке Селеук, которая течет в Ишеево. Пещера расположена в правой стенке долины сухого лога.
Ишеевская - вторая по протяжённости пещерная система Башкортостана в гипсах.
