Парк занимает площадь 159,1 тыс. гектаров в пределах трёх районов Новгородской области: Валдайского, Демянского и Окуловского. В границы парка не входят земли городских и сельских поселений, акционерных обществ, баз и домов отдыха, иных пользователей и собственников.
Особенностью парка является система водосборов, вытянутых вдоль осевой части Валдайской возвышенности, которая нашла своё отражение в конфигурации границ национального парка. Валдайская возвышенность и находящийся на её территории национальный парк во многом определяют экологическую обстановку не только в Новгородской и Тверской областях, но и на значительных пространствах Русской равнины. Значительный запас пресных вод на крупнейшем водоразделе в центре Европейской России, высокая лесистость позволяют судить о биосферной функции Валдая, расположенного между двумя важнейшими мегаполисами страны: Москвой и Санкт-Петербургом.
Национальный парк «Валдайский» составляет одно из звеньев формирующейся экологической сети в северо-западной части Европейской России. Он состоит членом Ассоциации заповедников и национальных парков Северо-Запада России, участвует в разработке и координации совместных программ по развитию особо охраняемых природных территорий этого региона.
