Вытекает из заболоченной местности к юго-востоку от высокогорного озера Джулукуль на высоте 2200 м, и впадает в Телецкое озеро, являясь крупнейшим его притоком. При впадении в озеро образует дельту с протокой Чебачья и о. Камаин, ставшего с конца ХIХ века одним из оазисов сибирского садоводства и виноградарства ввиду своего мягкого климата. Длина — 241 км, площадь бассейна — 16 800 км². Ширина в среднем течении — 30—50 м, глубина — около метра. Протекает по малообитаемым местам. На Чулышмане расположены деревни Коо и Балыкча. Вдоль реки, через эти деревни, проходит автомобильная дорога от устья Чулышмана до перевала Кату-Ярык, и далее — через сёла Балыктуюль и Улаган в Акташ, с выходом на автодорогу М-52 «Чуйский тракт». Вода холодная, мутноватая, с голубым или зелёным оттенком.
В среднем течении река протекает в каньоне и набирает свои силы перед первым населенным пунктом — Язула. У села находится единственный автомобильный мост через Чулышман. С этого места начинаются многие маршруты туристов-водников, но сплав по реке под силам только опытным спортсменам. Река очень мощная с большим количеством сложных порогов. В районе Язулы 15-и километровый участок каньона представляет собой сплошной опасный Язулинский порог. Скалы вплотную прижимаются к Чулышману, есть места непроходимые даже пешком. Еще 20 км вниз по течению после перевал Кату-Ярык начинается наиболее популярная часть реки до самого южного берега Телецкого озера. В этих местах каньон приобретает поистине впечатляющие размеры с отвесными стенами, но вдоль реки проходит автодорога, соединяющая села Коо и Балыкча с Улаганом. На берегах много туристических баз, это самая обжитая часть. По берегам очень много водопадов, больших и маленьких.
